Nos encontramos dos años despues del incidente de Shadow Moses (Metal Gear Solid). Durante estos dos años la tecnologia secreta de Metal Gear gracias a Revolver Ocelot ha circulado libremente por el mercado negro. Como consecuencia han aparecido incontables versiones de Metal Gear por todo el mundo. En medio de todo esto esta Solid Snake, ex miembro de Fox Hound, y actual miembro de la recien fundada Philanthropy, una ONG anti-Metal Gear, junto con su compañero Otacon (Hall Emmerich). Al haber sabido de un nuevo prototipo de Metal Gear que ha sido desarrollado por los U.S.Marines, y que esta siendo transportado hacia un destino desconocido. Snake debera de infiltrarse mientras el barco que transporta el nuevo Metal Gear camuflado como un petrolero recorre el rio Hudson. Snake se infiltra satisfactoriamente el barco, pero justo cuando Snake esta a punto de comenzar su mision el barco es atacado y secuestrado por un misterioso grupo armado.
